Analisi della suscettibilità genetica all'insorgenza di Asma,Rinite e BPCO.

Starting date
October 24, 2007
Duration (months)
24
Managers or local contacts
Pignatti Pierfranco

Scopo di questo progetto sarà quello di determinare il coinvolgimento genetico nella suscettibilità ad asma, rinite e BPCO. Verrà utilizzata la banca di DNA di soggetti ben caratterizzati fenotipicamente e rappresentativi della popolazione generale, suddivisi in pazienti affetti da asma, rinite, o BPCO e controlli non affetti da patologie respiratorie, che è attualmente in corso di allestimento presso il nostro istituto Verrà quindi svolta un'analisi di associazione caso-controllo in geni candidati per identificare geni di suscettibilita’ all’asma, alla rinite o alla BPCO e geni comuni alle tre patologie.
I geni candidati saranno scelti, per ciascuna delle malattie oggetto di questo studio, basandosi su quanto riportato in letteratura, fra i geni coinvolti nei processi di regolazione dell’equilibrio proteasi-antiproteasi, del rimodellamento tissutale, infiammazione, immunità, stress ossidativo e metabolismo degli xenobiotici: alfa-1-AntiTripsina(A1AT), alfa-1-AntiChimoTripsina (A1ACT),inibitori delle serinproteasi (SERPINE2,3,TIMP1, SPINK5), metalloproteinasi della matrice(MMP) e loro inibitori tissutali, disintegrino e metalloproteinasi 33 (ADAM33), fattori di necrosi tumorale(TNF-alfa,beta), interleuchine e loro recettori (IL 1-3-4-5-6-8-10-13), leucotriene B4 lipossigenasi (LTB4), recettore beta 2 adrenergigo (ADRb2), proteina legante la vitamina D (VDBP), recettore della vitamina D3 (VDR), lectina legante il mannosio (MBL2), PHD finger protein 11 (PHF11), dipeptidil peptidasi10 (DPP10), recettore accoppiato alla proteina G (GPR154), ORM1-like3 (ORMDL3), interferone gamma (IFNg), intergrina beta 7 (ITGb-7), CD14, recettore 4 della prostaglandina E (PTGER4), recettore gamma delle catene C delle cellule T (TCRg), frammenti Fc delle IgE (FceRI, FceRII ), blocco aplotipico contenente i geni per le chemochine(CXCL9, CXCL10, CXCL11) e SDAD1, trasduttore di segnale e attivatore di trascrizione 6 (STAT6), fattore nucleare kB, epossido idrolasi, superossido dismutasi, emeossigenasi; glutatione S-trasferasi (GSTM1, GSTT1, GSTP1), citocromo p450, sintasi 1 dell'ossido nitrico (NOS1), epossido idrolasi microsomale (EPHX), geni coinvolti nell’apoptosi (Bcl2),geni di detossificazione (CYP2E1, NAT2), gene per l’enzima antiossidante superossido dismutasi 3 (SOD3), geni di alcuni fattori di trascrizione (EGR1 e FOS),di fattori di crescita (CTGF, CYR61, TGFb1, PDGFRA), geni coinvolti nel metabolismo ossidativo (CRYZL1, SLC31A2) etc.
Altri geni potranno essere aggiunti grazie a nuove ipotesi generate durante lo svolgimento di questo studio. Per l'analisi dei polimorfismi saranno utilizzati vari metodi molecolari, scelti di volta in volta a seconda dei casi (restrizione enzimatica, DGGE, sequenziamento, primer extension, etc).
Verranno determinate le frequenze alleliche e genotipiche per i polimorfismi analizzati e sarà calcolato l’equilibrio di Hardy-Weinberg per ogni polimorfismo. Verrà effettuato uno studio di associazione caso/controllo di polimorfismi in geni candidati per la suscettibilità ad uno o più dei fenotipi studiati. Verrà determinata l'importanza dei singoli polimorfismi e di genotipi multipli nel calcolo dell'aumento di rischio di malattia. Verranno effettuate ricostruzioni probabilistiche degli aplotipi molecolari, basate sulla massima verosimiglianza, per l’identificazione di associazione alla malattia. La significatività dei risultati verrà determinata tramite appropriati test statistici basati su permutazioni in repliche simulate. Per valutare associazioni significative tra variabili continue o categoriche, si utilizzeranno modelli di regressione logistica multipla. L'analisi di associazione verrà effettuata tramite una regressione dei modelli lineari generalizzati di un tratto per la ricostruzione degli aplotipi. Saranno sviluppati metodi che evidenziano l’interazione tra geni e tra geni e fattori ambientali, basati sia su analisi condizionale di un secondo locus che su analisi a due loci.

Sponsors:

PRIN VALUTATO POSITIVAMENTE
Funds: requested
Syllabus: PRIN

Project participants

Francesca Belpinati
Technical-administrative staff
Roberta Galavotti
Technical-administrative staff
Cristina Patuzzo
Technical-administrative staff
Pierfranco Pignatti

Activities

Research facilities